17 Mayıs 2007 tarihinde 5662 Sayılı Kanun  ile kurulan T. C. Mardin Artuklu Üniversitesi, 4000 yıllık bir tarihe dayanan coğrafyada; içinde çeşitli dil, din ve kültürel zenginlikleri barındıran Mardin şehri ve çevresinin sosyal ve kültürel ortamına katkı sunarak, Türkiye’de bulunan Üniversiteler ile Ortadoğu’daki üniversiteler arasında köprü oluşturmayı hedef edinmiştir.

Hilal’in bereketli toprakları üzerinde kurulmuş olan Mardin, Ortadoğu’nun bütün medeni mirasıyla zenginleşmiş; her rengin, her sesin kendisine  yer bulabildiği kadim kültüre sahip bir medeniyetler şehridir. Tarihte  üstlendiği bilimsel ve kültürel rol ile Ümmü’l- Ulum (İlimler Anası) ve Medinetu’l-Maarif (Bilgi Şehri) unvanları ile bilinen Nusaybin’de Nusaybinli Mor Yakup tarafından ilk Hıristiyan- Süryani Akademisi açılmıştır.

Nusaybin’de bulunan Mor Yakup Manastırı, felsefe, mantık, edebiyat, geometri, astronomi, tıp ve hukuk eğitimlerinin verildiği dünyanın ilk eğitim üniversitesi olma özelliğine sahiptir.

Nisibis Akademia (Nusaybin Akademisi), Deyrulzafaran, Kasımiye, Zinciriye ve büyük mekteplerin ilim ve irfan mirası Mardin Artuklu Üniversitesi’nde yeniden can bulmuştur.

Sanat fikrinin beşeriyete yeteceği çok sayıda cami kilise ve manastır, kendi mabedinde bilgi yumaklarını teker teker çözmüş ve ördüğü ilim hırkasını bu şehirde giydirmeye başlamıştır. 

Böylesi bir şehrin ilim yuvası olan Mardin Artuklu Üniversitesi, bu kimliğini tarih boyunca sürdürerek tıpkı mazisinde olduğu gibi alimler yetiştirmeye, rüzgârı karşısına alarak bu şehri şahlandırmaya devam edecektir.

20007 Kuruluş kanunu ile birlikte Üniversite’de Fen- Edebiyat Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Devlet Konservatuarı, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ile Sağlık Yüksekokulu, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Meslek Yüksekokulu ile Midyat Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.

05 Şubat 2010 tarihinde Fen- Edebiyat Fakültesi, Fen Fakültesi ve Edebiyat Fakültesi olarak ikiye ayrılmıştır. 

Mevcut olan  akademik birimlere; 10 Aralık 2009 tarihinde Türkiye’de Yaşayan Diller Enstitüsü, 01 Şubat 2010 tarihinde Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu ile  İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, 29 Temmuz 2010 tarihinde Kızıltepe Meslek Yüksekokulu, 2011 yılında İlahiyat Bilimleri Fakültesi ile Nusaybin Meslek Yüksekokulu, 27 Ağustos 2015 tarihinde  Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu (BESYO), 8 Nisan 2016  tarihinde Yabancı Diller Yüksekokulu, 22 Haziran 2017 tarihinde Savur Meslek Yüksekokulu ve 11 Ocak 2018 tarihinde Derik Meslek Yüksekokulu eklenmiştir.

Mevcut olan birimlerimizden; İlahiyat Bilimleri Fakültesi’nin ismi 8 Nisan 2016 tarihinde İslami İlimler Fakültesi olarak değiştirilmiştir.

Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu  14 Haziran 2018 tarihinde Turizm Fakültesine, Sağlık Yüksekokulu ise 18 Nisan 2019 tarihinde Sağlık Bilimleri Fakültesi’ne dönüştürülmüştür.

Lisansüstü Eğitim Enstitüsü 04 Mart 2020 tarihli ve 31058 sayılı Resmi Gazete ile yayınlanan Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Rektörlüğe bağlı olarak kurulmuştur. Lisansüstü Eğitim Enstitüsü 2010-2011 akademik yılından itibaren öğrenci alımı yapan Sosyal Bilimler Enstitüsü ile Fen Bilimleri Enstitüsünün mevcut olan anabilim dallarını bünyesine katarak ve yüksek lisans ile doktora programlarıyla eğitim-öğretime kampüs yerleşkesinde devam etmektedir

Midyat Tasarım ve Sanat Fakültesi 28 Mart 2020 tarihli ve 31058 sayılı Resmi Gazete ile yayınlanan Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile kurulmuştur.

Tıp Fakültesi, 1 Mayıs 2021 Tarih ve 31471 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Cumhurbaşkanlığının 30 Nisan 2021 tarihli 3940 sayılı kararıyla kurulmuştur.

Kızıltepe Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi, 4 Mart 2022 Tarih ve 31768 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Cumhurbaşkanlığının 3 Mart 2022 tarihli 5252 sayılı kararıyla kurulmuştur.

Mardin Artuklu Üniversitesi; Mardin  şehir merkezine 5 km mesafede bulunan Mardin Artuklu  Kampüsü, 7 km mesafede bulunan İstasyon Yerleşkesi ve Mardin’in 6  ilçesinde bulunan Meslek Yüksekokulları  ile toplamda 17.985 öğrenciye öğrenim imkanı sunmaktadır.

Türkiye’nin ekonomik, kültürel ve sosyal açıdan en gelişmiş kentleri arasında yer alan ve  bir çok medeniyetlere ev sahipliği yapmış mozaik kültür  yapısı ile huzurlu ve hoşgörülü bir şehir olan Mardin, ideal bir öğrenci kenti olma potansiyeli ile dikkat çekmektedir. 

Üniversitenin tüm yerleşkelerinin il merkezine yakınlığı ve bu yerleşkelerin tamamına yeterli sıklıkta toplu ulaşım imkânının bulunması öğrencilere büyük kolaylık sağlamaktadır.