İzmir Bakırçay Üniversitesi bünyesinde 5 Fakülte (Fen-Edebiyat, Hukuk, İktisadi ve İdari Bilimler, Mühendislik ve Mimarlık ile Sağlık Bilimleri Fakülteleri), 3 Yüksekokul (Meslek, Adalet Meslek ve Yabancı Diller Yüksekokulları) ile 3 Enstitü (Fen, Sosyal ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri)'den oluşmasına karar verilmiştir. Ayrıca 25.05.2018 tarih ve 30431 Sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 2018/11593 Sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile 1 Fakülte (Tıp Fakültesi), 25.12.2019 tarih ve 30989 Sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 2019/1911 Sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile de 1 Fakülte (Eczacılık Fakültesi) fakültelerimiz arasına eklenmiştir.