Sabancı Topluluğu, Sabancı Üniversitesi'nin kuruluş kararını 1994 yılında, Türkiye'nin en büyük aile vakfı olan Sabancı Vakfı önderliğinde aldı.

Türkiye'de bir "dünya üniversitesi" kurma vizyonuyla, Ağustos 1995'te, 22 ülkeden, farklı disiplinlerde çalışan 50'nin üzerinde bilim insanı, araştırmacı, öğrenci ve iş insanı İstanbul'da düzenlenen arama konferansında bir araya geldi. Konferansta, İstanbul'da kurulacak bir dünya üniversitesinin felsefesi oluşturuldu: "Birlikte yaratmak ve geliştirmek".

Arama konferansını, öğrenci eğilimleri araştırmaları ile desteklenen tasarım komitelerinin çalışmaları izledi. Tasarım sürecinde, disiplinlerarası yaklaşımlar çerçevesinde, programlar ve dersler üzerinde çalışacak 13 tasarım komitesi oluşturuldu. Akademik alandaki tasarım çalışmalarının yanı sıra üniversitenin iş süreçlerinin ve yönetim yapısının oluşturulması için Deloitte & Touche danışmanlık firması ile birlikte Üniversite İdaresi Projesi başlatıldı. 

Sabancı Üniversitesi'nin tasarım çalışmaları sonunda, tek bir üniversiteyi model olarak seçmek ya da farklı örnek ve uygulamaları taklit etmek yerine, yeni ve özgün bir üniversite modeli yaratıldı. 

Sabancı Üniversitesi'nin temel atma töreni 31 Temmuz 1997'de gerçekleştirildi. Ekim 1998'de, üniversitenin genel yapısının ortaya çıkmasını takiben Avrupa Kalite Yönetimi Vakfı'na (EFQM) üye olmak üzere başvuruldu. Üniversitemiz, Türkiye'den EFQM'e başvuran ve üyeliğe kabul edilen ilk üniversitedir. 

Sabancı Üniversitesi, Ekim 1999'da ilk öğrencilerini karşılayarak öğretime başladı. Üniversitemiz bugün Türkiye'de ve yurt dışında pek çok üniversite tarafından örnek alınmaktadır.